Kancelária rektora
Kancelária rektora organizačne zabezpečuje a organizuje plnenie úloh vyplývajúcich z pôsobnosti rektora a vnútorného režimu akadémie a v stanovenom rozsahu sa podieľa na plnení týchto úloh. Plní úlohy súvisiace s uplatňovaním personálnej pôsobnosti a disciplinárnej právomoci rektora a ďalších vedúcich pracovísk.
Kvestúra
Kvestúra vykonáva riadiacu, organizačnú, metodickú, kontrolnú a koordinačnú činnosť na úseku ekonomických služieb a materiálno-technického zabezpečenia vrátane zabezpečenia hospodárskeho a správneho chodu akadémie.
Ekonomické oddelenie
Ekonomické oddelenie v rámci svojej pôsobnosti najmä
a) vykonáva riadiacu, organizačnú, metodickú a kontrolnú činnosť na úseku ekonomických služieb v zmysle všeobecne záväzných právnych predpisov a platných interných predpisov,
b) pripravuje návrh na rozdelenie pridelených rozpočtových finančných prostriedkov správcom kapitoly ministerstva podľa položiek a podpoložiek ekonomickej klasifikácie v celku a zároveň prerozdelenie pre jednotlivé pracoviská akadémie,